Analyses microbiologiques
L’envoi d’échantillons biologiques doit respecter les protocoles établis par le service de messagerie ou de transport utilisé. Dans certains cas, le transport aérien exige le respect de la réglementation de l’Association internationale du transport aérien (IATA) relative aux matières dangereuses.
Tout agent infectieux spécifique suspecté cliniquement doit être mentionné sur le formulaire d’envoi ; certains organismes ont des exigences de croissance particulières (par exemple, culture anaérobie, milieux spéciaux) qui peuvent ne pas être utilisés en routine dans les laboratoires, sauf si le pathogène a été cité comme diagnostic différentiel.
Les techniques de laboratoire et les capacités pour les analyses microbiologiques varient ; toutefois, la plupart des analyses reposent sur la croissance ou la visualisation d’organismes viables intacts ou sur la détection des acides nucléiques et des protéines de ces pathogènes. Par conséquent, les échantillons non fixés (tissus, liquides, etc.) doivent être prélevés de manière aseptique et envoyés rapidement afin d’éviter leur dégradation.
S’il est possible de réaliser une culture microbienne d’un échantillon de liquide tel que l’urine ou un épanchement cavitaire, une aliquote séparée du liquide devra être envoyée dans un récipient stérile et sans additifs. Les tubes contenant de l’EDTA ou d’autres conservateurs sont généralement idéaux pour l’évaluation cytologique, mais inacceptables pour la culture.
Si des tests PCR doivent être réalisés, il est particulièrement important d’éviter toute contamination croisée entre plusieurs animaux d’un même envoi ; ce principe s’applique aux tissus, aux liquides et même aux instruments de dissection.
En outre, les écouvillons destinés à l’analyse PCR ne doivent pas être placés dans des milieux de transport à base de gélose ou de charbon, et les écouvillons en alginate de calcium doivent être évités. À la place, il convient d’envoyer des applicateurs stériles à embout en coton ou en polyester dans un tube, soit secs (sans milieu de transport.
Les exigences pour le test PCR peuvent varier considérablement selon le test PCR spécifique ; il est donc vivement recommandé de consulter le laboratoire destinataire avant de prélever l’échantillon.
Certains protocoles d’analyse peuvent autoriser le regroupement d’échantillons d’organes d’un même individu ; toutefois, il est généralement préférable que chaque tissu soit prélevé dans des sachets ou des tubes stériles séparés et clairement étiquetés pour l’envoi. Les échantillons d’intestin ne doivent jamais être mélangés dans un récipient avec d’autres échantillons de tissu.
Les tissus et les liquides destinés à la plupart des analyses microbiologiques peuvent être congelés avant l’envoi, mais la congélation n’est généralement pas conseillée si les échantillons peuvent être réfrigérés et livrés directement au laboratoire dans les 24 heures suivant leur prélèvement.
Les exceptions à cette règle incluent l’analyse de certaines toxines, comme celles de Clostridium perfringens et C botulinum, pour lesquelles la dégradation de la toxine doit être évitée par une congélation immédiate après le prélèvement. Un réfrigérant approprié doit être fourni afin que les échantillons restent réfrigérés (ou congelés) jusqu’à leur arrivée au laboratoire.
Les échantillons fécaux destinés aux analyses parasitologiques doivent être envoyés réfrigérés dans des récipients correctement scellés. La congélation peut avoir peu d’impact sur les tests de routine par flottation ou sédimentation, mais elle annulera la possibilité de l’analyse de Baermann pour les larves de nématodes. Les ectoparasites ou nématodes envoyés pour identification devront être présentés dans des flacons contenant de l’alcool à 70 %.